瓶颈一：改善症状不除石。此方法只适合于泌尿系结石小于0.5厘米、且无泌尿系狭窄的患者，及胆系结石小于0.3厘米的且无慢性炎症的患者。但结石患者多数伴有感染，这会加重梗阻。改善症状。如原有的生活方式、饮食习惯没有改变，结石仍会悄悄生长。当再一次出现症状时，结石通常长大了许多，让患者错过了良好的诊治时机。
瓶颈二：腹腔镜取石，便意味着要不可避免地带来创伤。传统手术取石切口大、损伤大、危险大，而且恢复时间长；腹腔镜手术的切口虽较小，但要求较高，对多发结石、有慢性炎症的结石均不适合。
瓶颈三：排石不当，痛苦大、危害多。泌尿系结石的药物排石，如结石表面不光滑，有锐利的毛刺，在输尿管中滑行时，强行排石就会严重损伤输尿管，同时患者疼痛难忍；胆系结石中结石直径较大者，如直接采取药物排石会引起结石嵌顿于胆囊颈部、胆囊管及胆管内，不但结石排不出，反而加重患者困扰。
瓶颈四：取石不尽，损伤大、易复发。手术取石有很高的残石率，结石一般取不尽。如肾结石取石，对长在肾门处、伸展于肾盏的结石，因手术无法取尽，多建议患者切除肾脏；肝内胆管结石合并化脓胆管炎时，要做含有结石的部分肝叶手术切除术，而对于其周围仍存在散在的、小的胆管结石，仍无法手术解决。
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