先天性发育异常是导致男性不育的重要原因。

1.阴茎先天性发育异常

任何原因导致阴茎先天理改变均可影响性交活动，严重者导致不育。

2.尿道先天性异常

男性尿道先天性异常，包括尿道上裂和尿道下裂。影响性交能力，精子不能输入女性道而造成不孕（育）。再如先天性尿道憩室、先天性尿道狭窄等，皆有程度不同的射精障碍而影响孕育。

3.睾丸先天性异常

包括无睾、睾丸发育不全、异位睾丸、睾丸融合、隐睾、多睾、睾丸附睾分离等，均可干扰或破坏其正常的功能，影响患者的生盲能力或/和性能力。

4.其他先久性发育异常

如先天性附睾、输精管发育不全及缺如，造成输卵管道阻塞，精囊发育不全、缺如，前列腺发育不良、憩室等造成附属性腺功能障碍而致不育。再如射精管发育不全、缺如、梗阻及开口异常，亦可导致男性不育。