造成男性不育的原因很多，但不一定每一位不育男土都可以找到原因，约有3成的不育男士是不确定原因，但整体来说，环境的污染，压力的增加、饮食改变致使肥胖人口增加，以及先天或幼年的疾病伤害等，都和男性不育有密切关系。

男性不育的原因有很多，大致可分下列几类：

遗传基因：遗传基因造成男性不育常见的是囊状纤维化，其精虫先天纤毛活动差，或是先天无输精管也会不育，还有先天性染色体异常，例如多了一个X染色体或是多一个Y染色体，都会造成男性不育。

感染症：如果小时候感染腮腺炎，发生不育的机率也会提高，如果小时候是两侧腮腺炎，其发生不育的机率是1/10，此外，长大後如果感染，如淋病、摘虫等，也可能造成输精管发炎而阻塞，後造成不育。

外伤：有些男性不育是因为小时候受伤,伤及睾丸而造成睾丸萎缩，有些则是睾丸跑到腹股沟，而影响到精虫制造，研究指出，单侧隐睾症不育机率约10巴仙，而如两侧隐睾症，其机率则高达30巴仙。

开刀：小时候因为疝气开刀，如果手术不当伤及输精管，也可能在日後发生不育。

辐射线、电磁波：辐射线、放射线、X光等的暴露如果时间够长、剂量够多，的确会造成不育。

全身性疾病如高血压、肝功能不佳、肾功能衰竭、血液疾病等也都可能影响精虫的品质，造成不育。

荷尔蒙异常：男性荷尔蒙下降、或是泌乳素太高都可能影响精虫品质。生活压力过大、生活作息失调者也都会使泌乳素升高造成不育。

重金属污染：地下水污染、土地的污染，都可能让人体不知不觉摄入过多重金属，而这些重金属如铅中毒，镉中毒都是会破坏精虫品质。