性传播疾病简称STD的病原体包括所有的医学微生物范围。其主要包括以下几个方面：

衣原体：沙眼D－K型，可引起非淋菌性尿道炎。沙眼衣原体通过性接触而传播，可引起临床的病症有：宫颈炎、输卵管炎、新生儿结膜炎、肺炎、不育症和反应性关节炎。

支原体：解脲支原体，也是非淋菌性尿道炎的主要病因。

细菌：多种细菌均可经性行为而传播，主要有以下3种：

1）淋病双球菌：是淋病的病原体

2）肠道杆菌：通过口接触传播

3）布氏杆菌：通过性交

真菌：其中白色念珠菌，可引起器念珠菌病。

螺旋体：其中苍白螺旋体是梅毒的病原体。

原虫：其中阴道毛滴虫可致器滴虫病。

寄生虫：其中疥虫可导致疥疮；阴虱可导致阴虱病。