小儿腹泻有多种原因，通常分感染因素、内在因素及非感染因素。肠道消化吸收功能减低，肠蠕动亢进，使营养素的消化和吸收发生障碍。营养物质的丢失主要是酶功能紊乱引起同化功能障碍所致。蛋白质的同化功能减弱，但仍能消化吸收蛋白质。脂肪的同化与吸收受到影响，在恢复期，脂肪的同化作用仍低下。

感染因素

肠道感染：由细菌和病毒引起，通常有以下方面：

（1）细菌及病毒

（2）真菌和原虫：真菌感染为白色念珠菌，有的原虫感染，如蓝氏贾第鞭毛虫、结肠小袋虫、隐孢子虫、阿米巴原虫等。

（2）肠道外感染：小儿患上呼吸道感染、肺炎、肾盂肾炎、中耳炎、皮肤感染及其他急性感染疾病时，可伴有腹泻。这是因为发热及毒素的影响，使消化功能紊乱，酶分泌减少，肠蠕动增加而引发。

非感染因素

通常分为饮食因素、气候因素和过敏因素。对小儿假如喂养不当，则可能引起腹泻。过多过早喂哺较多的淀粉类、脂肪类食物，突然改变食物品种和断奶都可能引发腹泻。气候突然变化，使肠蠕动增加，消化酶和胃酸分泌减少，可诱发腹泻。有的吸收不良综合征，例如乳糖不耐受症、糖原性腹泻、先天性氯化物性腹泻、胰腺囊性纤维性变、原发性肠吸收不良等会引起腹泻。

内在因素

体液分布特点：婴儿细胞间质液较多，水代谢旺盛，肾功能调节差，这较易发生体液紊乱。

机体防御功能较差：婴幼儿时期免疫功能不成熟，血液中的免疫球蛋白和胃肠道SIgA较低，胃肠屏障功能较弱，胃酸分泌量少，胃肠排空较快，对感染因素防御功能差。此外，新生儿出生后未建立肠道正常菌群，对侵入肠道的病原微生物抵抗能力弱，喂养者食物中缺乏母乳含有的较多免疫物质。而食物和食具污染机会较多，肠道感染的发生率高于母乳喂养儿。

消化系统发育不成熟：婴幼儿时期，胃酸及消化酶分泌不足，消化酶的活性较低，神经系统对胃肠道调节功能较差，不易适应食物质和量，这样生长发育快，营养物质需相对较多，胃肠道负担较大，消化功能常在紧张状态，易出现消化功能问题。